Cytoscape

Cytoscape最新版是一款相当优秀的专业化生物信息分析工具，Cytoscape正式版功能强劲，支持对网络进行构建，可以让用户轻松整合模块化网络和生物科学联系网络图的绘制。Cytoscape软件能够通过集成，分析和可视化数据来达到分析网络的目的。

Cytoscape软件功能

      支持多种标准

      Cytoscape支持很多标准的网络和注释文件格式，包括：SIF(Simple Interaction Format), GML, XGMML, BioPAX, PSI-MI, GraphML, KGML (KEGG XML), SBML, OBO, 和 Gene Association。SIF (Simple Interaction Format), GML, XGMML, BioPAX, PSI-MI, GraphML, KGML (KEGG XML), SBML, OBO, 和 Gene Association. 还支持限定的文本文件和MS Excel? Workbook，您可以导入由其他应用程序或电子表格程序生成的数据文件，如表达谱或GO注释。使用该功能，您可以加载和保存节点、边和网络上的任意属性。例如，为您的蛋白质输入一组自定义注释术语，为您的蛋白质-蛋白质相互作用创建一组置信值。

      公共数据库客户端

      Cytoscape是作为一个网络服务客户端工作的，这意味着Cytoscape可以直接连接外部公共数据库，导入网络和注释数据。这意味着Cytoscape可以直接连接到外部公共数据库，并导入网络和注释数据。目前，我们支持Pathway Commons, IntAct, BioMart和NCBI Entrez Gene。我们还将继续为热门数据库开发新的服务客户端。

      互操作性

      由于Cytoscape支持导入/导出标准文件格式，你可以很容易地将Cytoscape放入你的工作流程中。例如，如果你有一个由 igraph 或 Bioconductor 生成的网络数据，Cytoscape 可以将该文件以文本表的形式加载，并以 PSI-MI 格式导出，供其他生物信息学工具或你自己的应用程序/脚本使用。

      从 3.3 版本开始，Cytoscape 支持 RESTful API 的编程访问。你可以使用你选择的编程语言来访问Cytoscape的核心功能，如创建网络，应用布局，或图像导出。

      会话文件

      你可以通过一键保存你的工作。所有的设置、数据文件和可视化都打包在一个会话文件中。它被称为Cytoscape会话(.cys)文件。Cytoscape 会话文件包括网络、属性(节点/边缘/网络)、桌面状态(选择/隐藏节点和边缘、窗口大小)、属性、一些插件状态和可视化风格。

      布局

      在二维空间布局网络。 有多种布局算法可供选择，包括循环、树形、力导向、边缘加权和yFiles有机布局。您也可以使用类似于其他图形应用程序用户界面的手动布局工具。

      图像导出

      您可以将网络导出为可发布的高质量图像。支持PDF、PS、SVG、PNG、JPEG和bmp文件。矢量图像(PDF和PS)可以通过其他应用程序(如Adobe **)进行修改，以进一步增强。

      VizMapper

      使用强大的VisualStyles自定义网络数据显示。在网络上查看基因表达比和p值的叠加。 表达数据可以根据用户配置的颜色和可视化方案，映射到节点颜色、标签、边界厚度或边界颜色等。

      筛选

      过滤网络，以根据当前数据选择节点和/或相互作用的子集。 例如，用户可以根据基因表达数据加载的p值，选择参与交互的阈值数量的节点、共享特定GO注释的节点，或在一个或多个条件下基因表达水平发生显著变化的节点。您可以从过滤结果中创建新的网络。

      检索

      从搜索窗口搜索目标节点和边。Lucene语法支持任意复杂的查询。

      浏览

      放大/缩小和平移浏览网络。使用网络管理器可以轻松组织多个网络。而且这种结构可以保存在会话文件中。使用鸟瞰图轻松浏览大型网络。通过高效的渲染引擎轻松浏览大型网络(100,000+节点和边)。

      查找模块/集群

      寻找活跃的子网络/途径模块。根据基因表达数据对网络进行筛选，找出相互作用的连接集，即相互作用子网络，其基因表现出特别高的差异表达水平。 每个子网络中包含的相互作用为控制观察到的表达变化的调控和信号传导相互作用提供了假设。在任何加载到Cytoscape中的网络中找到簇(高度相互连接的区域)。根据网络的类型，簇的含义可能不同。例如，蛋白质-蛋白质相互作用网络中的簇已被证明是蛋白质复合物和途径的一部分。蛋白质相似性网络中的簇代表蛋白质家族。

      应用管理器和应用商店

      可用于网络和分子轮廓分析的App。Cytoscape是一个用Java编写的软件，你可以通过编写Java代码来编写自己的App进行数据分析、导入和可视化。更多的Apps可以在Cytoscape App Store中找到。你可以在App Manager中一键安装大部分Apps，或者直接从App Store中安装(这是Cytoscape 3的一个功能)。

Cytoscape软件特色

      Cytoscape软件使用可缩放的用户界面来导航和查看网络。ZUIs使用两种导航机制:缩放和平移。缩放根据用户想要看到的内容的多少或多少来增加或减少视图的放大

      节点和边缘列数据

      交互网络作为独立的模型是有用的。然而，当与其他信息结合在一起时，它们对于回答科学问题是最有效的。Cytoscape允许用户将任意节点、边缘和网络信息作为节点/边缘/网络数据列添加到Cytoscape中

      Cytoscape功能不是固定的。它们可以通过应用程序扩展。它们可以以各种方式扩展细Cytoscape。一个应用程序可以从在线数据库导入数据。另一个应用程序可以提供一种分析网络的新方法。你可以在安装了Cytoscape之后安装应用程序。大多数应用程序都是像你这样的Cytoscape用户开发的。

      如果你熟悉Cytoscape2。你可能知道细Cytoscape应用程序被称为插件。从Cytoscape3.0开始，我们称之为应用。

Cytoscape使用说明

      一、输入文件

      支持多种输入格式，可以保存工程文件，支持多种布局的方式，支持导出图像，样式可以做丰富的调整，智能的选择过滤。

      1、 edge文件格式：

      tsv(制表符分隔的txt是一样的)，csv(逗号分隔的)，xls，xlsx文件等,一般两种tsv文件就足够我们使用了。下面就是一个典型的三列tsv格式的文件示例，第一列是原节点，第三列是目标节点，第二列是两者的相互作用关系，这里的作用关系标示了不同类型，在后面的网络设置中大家可以看到它的妙处，而这里的source与target都是数字，怎样转换为我们想看到的基因名字呢，这里也是先留一个问题，后面解释。

      2、 node属性文件

      可以导入，可以用来解决我们上面的问题，将edge文件中的数字替换成可视化的简单的基因名字。

      二、导入数据

      可以点击上面的物种名字选择一个实例来学习，也可以直接选择空的network用来导入数据，例如我选择了Arabidopsis，就出现了如下的界面，图示的是一个已经做好的网络的例子：

      用户界面

      1、 导入数据

      2、 导入属性文件

      3、 布局

      三、高级功能

      1、调整样式

      (1)基本样式

      (2)节点样式

      (3)边样式

      2、改节点名称

      3、改边的颜色

      4、调控网络各项指标统计

      得到的结果会出现在一个新的面板当中：

      5、改变节点大小

      这里需要强调很重要的一点是，在对这里的改变节点大小进行操作之前，如果是想通过节点连接的边的数量进行梯度设定的话，是必须要进行上面第四步的统计分析的，否则没有Degree选项出现：

      双击上面梯度设置的区域可以出来控制面板进行修改：

      四、选择过滤

      1、节点的选择

      2、子网络的选择与分离

      六、导出图片

      数据的导出可以是网络文件，表格文件或者是图片文件，图片文件包括多种图片格式以及pdf格式，对比图标的形态，下图所示的左侧两个是快速导入文件的图标：

      生物信息分析软件(Cytoscape) 七、表达分析

      Cytoscape还可以导入基因的表达值，将不同的表达值进行颜色的梯度展示，由于我的分析没有这部分数据所以将网络上学到的图片做了几个截图：

      八、其它

      Cytoscape提供了很多外接的数据库，右键点击相应节点，出现的选项里面选择externallinks，里面有以下所示连接的数据库：

      此外，基于大量功能强大的插件的开发，以下的功能也很全面：

      GO分析：BiNGO

      Pathway分析：CytoKegg、KEGGscape等

      模块与复合物分析：jActiveModules+BiNGO

      将bug扫地出门进行到底

      优化用户反馈的问题，提升细节体验